Допустим у нас есть таблица user и в ней поля  в следующем порядке id, email, login, password. У нас задача поставить поле login после id. Для начала делаем sql запрос (допустим в phpmyadmin):

show create table `user`

Таким образом мы получаем дефолтные значения всех полей, которые использовались при создании таблицы. Копируем строку с нужным нам полем, в нашем случае это login

`login` varchar(255) DEFAULT NULL

Теперь делаем еще 1 запрос, используя полученные данные:

ALTER TABLE `user` MODIFY `login` varchar(255) DEFAULT NULL AFTER `id`

С помощью этого запроса мы переместили поле login после поля id